文面から判断して何か根本的なところで思い込み or 勘
違いされているような気がします。

「別メソッドでaddされた要素は受け付けない」・・・
というあたりが多分勘違いです。なんとなく別の変数を
アクセスするコードを書いてしまっているような気がし
ますがコードがないのでなんとも言えません。

初期設定しているコード、ボタンのアクションでどうや
ってその変数をアクセスしているかがわかる程度のコー
ドを提示すべきかと思います。

import javax.swing.*;
import java.util.*;
import java.awt.*;
import java.awt.event.*;

class Main {
    public static void main( String[] args ) {
        InputFrame frame = new 
InputFrame();
    }
}

class InputFrame extends JFrame implements 
ActionListener {
    static ArrayList<JComboBox<String>> Select 
= new ArrayList<JComboBox<String>>();

    public InputFrame() {
        setDefaultCloseOperation( 
EXIT_ON_CLOSE );
        setResizable( false );
        getContentPane().setPreferredSize( 
new Dimension( 300, 300 ) );
        pack();
        
        getContentPane().setLayout( null 
);
        
        String Data[] = { /*1から10の連番
*/ };
        for( int i = 0; i < 10; i++ ) {
            Select.add(new 
JComboBox<String>( Data ));
            Select.get(i).setBounds(0, 
20*i, 100, 20 );
            getContentPane().add( 
Select.get(i) );
        }
        
        JButton OKButton = new JButton( 
"OK" );
        OKButton.addActionListener( this 
);
        OKButton.setActionCommand( "OK" );
        OKButton.setBounds( 0, 20*10, 100, 
20 );
        getContentPane().add( OKButton );
        
        setVisible( true );
    }

    public void actionPerformed(ActionEvent e)
{
        if( e.getActionCommand().equals( 
"OK" ) ) {
            System.out.println( 
String.valueOf( Select.size() ) );
        }
    }
}

このコードだと上手く表示されるのですが、

import javax.swing.JFrame;
import javax.swing.JComboBox;
import javax.swing.JTextField;
import javax.swing.JTextField;
import javax.swing.JButton;
import java.awt.event.ActionListener;
import java.awt.event.ActionEvent;
import java.awt.Dimension;
import java.awt.event.ActionListener;
import java.awt.event.ActionEvent;
import java.util.ArrayList;

class InputFrame extends JFrame implements 
ActionListener {
    static ArrayList<JComboBox<String>> 
TeamSelect = new ArrayList<JComboBox<String>>();
    
    public InputFrame() {
        setDefaultCloseOperation( 
EXIT_ON_CLOSE );
        setLocationRelativeTo( null );
        setResizable( false );
        getContentPane().setPreferredSize( 
new Dimension( 300, 300 ) );
        pack();
        
        getContentPane().setLayout( null 
);
        
        /*チーム名選択*/
        String TeamData[][]        = 
{    { "東北楽天", "西武", "ロッテ", "ソフトバ
ンク", "オリックス", "日本ハム" },
                                    
{ "巨人", "阪神", "広島", "中日", "ＤｅＮＡ", "東
京ヤクルト" } };
        String Data[] = { /*1から10の連番
*/ };
        ArrayList<JComboBox<String>> 
TeamSelect = new ArrayList<JComboBox<String>>();
        for( int i = 0; i < 2; i++ ) {
            TeamSelect.add(new 
JComboBox<String>( TeamData[i] ));
            
TeamSelect.get(i).setBounds( 
getContentPane().getWidth()/2*i, 0, 
getContentPane().getWidth()/2, 20 );
            getContentPane().add( 
TeamSelect.get(i) );
        }
        /*選手名入力*/
        JTextField PlayerNameBox[][] = new 
JTextField[2][10];
        for( int j = 0; j < 2; j++ ) {
            for( int i = 0; i < 10; 
i++ ) {
                PlayerNameBox[j]
[i] = new JTextField();
                PlayerNameBox[j]
[i].setBounds( getContentPane().getWidth()/2*j, 
20*i +20, getContentPane().getWidth()/2-50, 20 );
                
getContentPane().add( PlayerNameBox[j][i] );
            }
        }
        /*選手ポジション*/
        
ArrayList<ArrayList<JComboBox<String>>> 
PositionSelect = new 
ArrayList<ArrayList<JComboBox<String>>>();
        for( int j = 0; j < 2; j++ ) {
            PositionSelect.add( new 
ArrayList<JComboBox<String>>() );
            for( int i = 0; i < 10; 
i++ ) {
                
PositionSelect.get(j).add( new JComboBox<String>( 
V.PlayerPos[j] ) );
                
PositionSelect.get(j).get(i).setBounds( 
getContentPane().getWidth()/2*(j+1)-50, 20*i +20, 
50, 20 );
                
getContentPane().add( PositionSelect.get(j).get(i) 
);
            }
        }
        
        /*ボタン*/
        JButton PlayButton = new JButton( 
"試合開始" );
        PlayButton.addActionListener( this 
);
        PlayButton.setActionCommand( 
"Play" );
        PlayButton.setBounds( 
getContentPane().getWidth()/2, 
getContentPane().getHeight()-20, 
getContentPane().getWidth()/2, 20 );
        getContentPane().add( PlayButton 
);
        
        setVisible( true );    
    }
    public void actionPerformed(ActionEvent e)
{
        if( e.getActionCommand().equals( 
"Play" ) ) {
            System.out.println( 
String.valueOf( TeamSelect.size() ) );
            setVisible( false );
            MainFrame frame = new 
MainFrame();
        }
    }
}

このコードだと要素数が0になってしまっています。
何が悪いのでしょうか。

きたないコードで申し訳ありません。
後のコードのInputFrameクラスは、違うクラスから呼び
出しているのでmainスレッドはありません。

「試合開始ボタン」をクリックした際に
TeamSelect.sizeが0と表示されるということでしょう
か。

0となるのはこのフィールドにaddしていないからのよう
に見えます。

InputFrameのコンストラクターでTeamSelectというフィ
ールドを初期化する意図だと思いますけど、フィールド
ではなくてコンストラクターメソッドのローカル変数に
なっていますよ。

ところで・・・
この手のミスはありがちかと思いますが、意図した値に
なっていない場合は、デバッガで設定している箇所で止
めて値を確認してみてください。またEclipseなどのIDE
を用いるとエディタ上でクラスのフィールドなのかロー
カル変数なのかを違う色で表示してくれたりするのでコ
ードを書いている最中にミスに気付けたりします。
こういったことに慣れてゆくのがバグの原因に気づくの
に有効なので活用してみるといいと思います。

解決しました。ありがとうございました。