出力されているエラーの
> Catalina.start using conf/server.xml: Error at (22, 41)
これが原因では？
22行目41カラム目がエラーと読めますが

回答ありがとうございます。
指摘のあった部分は以前から見ていたのですが、空白行のためエラーに引っかかる理由が分かりません。
色々いじっていたら、エラーは一度消えたのですが、次にこのようなエラーがでましたが、これの意味はソースに不備があるという事でよろしいのでしょうか？
一度、eclipseがブレイクしてしまい、一度インストールし直してなので、作成したclassファイルが消えてしまい多分そのせいでこのエラーが出てる気がするのですが。

6 14, 2012 10:02:26 午前 org.apache.catalina.core.AprLifecycleListener init
情報: The APR based Apache Tomcat Native library which allows optimal performance in production environments was not found on the java.library.path: C:\Program Files\Java\jre7\bin;C:\WINDOWS\Sun\Java\bin;C:\WINDOWS\system32;C:\WINDOWS;C:/pleiades/eclipse/jre/bin/client;C:/pleiades/eclipse/jre/bin;C:/pleiades/eclipse/jre/lib/i386;C:\WINDOWS\system32;C:\WINDOWS;C:\WINDOWS\System32\Wbem;c:\Program Files\Common Files\Roxio Shared\10.0\DLLShared\;C:\Program Files\TortoiseSVN\bin;C:\WINDOWS\system32\WindowsPowerShell\v1.0;C:\Program Files\Microsoft SQL Server\100\Tools\Binn\VSShell\Common7\IDE\;C:\Program Files\Microsoft SQL Server\100\Tools\Binn\;C:\Program Files\Microsoft SQL Server\100\DTS\Binn\;C:\Program Files\MySQL\MySQL Server 5.5\bin;C:\mysql\bin;;C:\DB\Data\bin;C:\DB\mysql\bin;C:\Program Files\Java\jdk1.7.0_03\bin;;C:\Program Files\Java\jdk1.7.0_03\bin;C:\pleiades\eclipse;;.
6 14, 2012 10:02:26 午前 org.apache.coyote.http11.Http11Protocol init
情報: Coyote HTTP/1.1を http-8080 で初期化します
6 14, 2012 10:02:26 午前 org.apache.catalina.startup.Catalina load
情報: Initialization processed in 865 ms
6 14, 2012 10:02:26 午前 org.apache.catalina.core.StandardService start
情報: サービス Catalina を起動します
6 14, 2012 10:02:26 午前 org.apache.catalina.core.StandardEngine start
情報: Starting Servlet Engine: Apache Tomcat/6.0.35
6 14, 2012 10:02:26 午前 org.apache.catalina.startup.HostConfig deployDescriptor
情報: 設定記述子 host-manager.xml を配備します
6 14, 2012 10:02:27 午前 org.apache.catalina.startup.HostConfig deployDescriptor
情報: 設定記述子 jsp10.xml を配備します
6 14, 2012 10:02:27 午前 org.apache.catalina.startup.HostConfig deployDescriptor
情報: 設定記述子 manager.xml を配備します
6 14, 2012 10:02:27 午前 org.apache.catalina.startup.HostConfig deployDirectory
情報: Webアプリケーションディレクトリ docs を配備します
6 14, 2012 10:02:27 午前 org.apache.catalina.startup.HostConfig deployDirectory
情報: Webアプリケーションディレクトリ examples を配備します
6 14, 2012 10:02:27 午前 org.apache.catalina.core.ApplicationContext log
情報: ContextListener: contextInitialized()
6 14, 2012 10:02:27 午前 org.apache.catalina.core.ApplicationContext log
情報: SessionListener: contextInitialized()
6 14, 2012 10:02:27 午前 org.apache.catalina.startup.HostConfig deployDirectory
情報: Webアプリケーションディレクトリ ROOT を配備します
6 14, 2012 10:02:27 午前 org.apache.coyote.http11.Http11Protocol start
情報: Coyote HTTP/1.1を http-8080 で起動します
6 14, 2012 10:02:27 午前 org.apache.jk.common.ChannelSocket init
情報: JK: ajp13 listening on /0.0.0.0:8009
6 14, 2012 10:02:27 午前 org.apache.jk.server.JkMain start
情報: Jk running ID=0 time=0/32  config=null
6 14, 2012 10:02:27 午前 org.apache.catalina.startup.Catalina start
情報: Server startup in 947 ms
6 14, 2012 10:02:38 午前 org.apache.catalina.core.StandardWrapperValve invoke
重大: サーブレット jsp のServlet.service()が例外を投げました
java.lang.ClassNotFoundException: org.apache.tomcat.InstanceManager
    at org.apache.catalina.loader.WebappClassLoader.loadClass(WebappClassLoader.java:1680)
    at org.apache.catalina.loader.WebappClassLoader.loadClass(WebappClassLoader.java:1526)
    at org.apache.jasper.servlet.JasperLoader.loadClass(JasperLoader.java:128)
    at org.apache.jasper.servlet.JasperLoader.loadClass(JasperLoader.java:66)
    at java.lang.Class.getDeclaredFields0(Native Method)
    at java.lang.Class.privateGetDeclaredFields(Unknown Source)
    at java.lang.Class.getDeclaredFields(Unknown Source)
    at org.apache.catalina.util.DefaultAnnotationProcessor.processAnnotations(DefaultAnnotationProcessor.java:181)
    at org.apache.jasper.servlet.JspServletWrapper.getServlet(JspServletWrapper.java:153)
    at org.apache.jasper.servlet.JspServletWrapper.service(JspServletWrapper.java:340)
    at org.apache.jasper.servlet.JspServlet.serviceJspFile(JspServlet.java:313)
    at org.apache.jasper.servlet.JspServlet.service(JspServlet.java:260)
    at javax.servlet.http.HttpServlet.service(HttpServlet.java:717)
    at org.apache.catalina.core.ApplicationFilterChain.internalDoFilter(ApplicationFilterChain.java:290)
    at org.apache.catalina.core.ApplicationFilterChain.doFilter(ApplicationFilterChain.java:206)
    at org.apache.catalina.core.StandardWrapperValve.invoke(StandardWrapperValve.java:233)
    at org.apache.catalina.core.StandardContextValve.invoke(StandardContextValve.java:191)
    at org.apache.catalina.core.StandardHostValve.invoke(StandardHostValve.java:127)
    at org.apache.catalina.valves.ErrorReportValve.invoke(ErrorReportValve.java:102)
    at org.apache.catalina.core.StandardEngineValve.invoke(StandardEngineValve.java:109)
    at org.apache.catalina.connector.CoyoteAdapter.service(CoyoteAdapter.java:293)
    at org.apache.coyote.http11.Http11Processor.process(Http11Processor.java:859)
    at org.apache.coyote.http11.Http11Protocol$Http11ConnectionHandler.process(Http11Protocol.java:602)
    at org.apache.tomcat.util.net.JIoEndpoint$Worker.run(JIoEndpoint.java:489)
    at java.lang.Thread.run(Unknown Source)

何を変更されたか知りませんが、
２つ目のログからはJSPServletの初期化エラーが
発生していることしか分かりません。

通常であればJSPServletはコンテナに用意されたものを
使用すると思いますので、実装クラス云々とは関係ない
のではと推測されます。
色々いじった結果環境を壊しているのでしょう、多分。
(ClassNotFoundとなっているクラスもtomcatのですし)

もう少しスタックトレースの意味を理解した上で対処
したほうが良いのではないでしょうか。

サーブレットはいわば応用の世界。
基礎を固めてからでないと全然分からずに丸投げ質問にな
る。
例外が出たときの対処法も、基礎のうちだ。

私も同じような状態で困って検索したらヒットしたんですが、このような例外ってどうやって対処をすればいいんですか？？？
みなさんは初めの頃どうやって勉強や書籍にない部分を調べたりして、プログラムを身に付けたんですか？？？
やっぱり、専門学校等行って身に付けなさったんですか？

現状を修正する、以外にも方法はありますよ。

最初からやり直すんです。

改めて、すっぴんのTomcatプロジェクトを作成しましょう。
それがちゃんと動作することを確認した上で、
これまでに作ったコードを移植していくのです。

今回のように、Tomcatそのものの起動が
怪しい場合など、このような方法をとります。

ちゃんと動くようにできたら、どこがおかしかったのか、
確かめることもできますね。

コーディングとは、まずは動作するものを書くこと。
そして、それを拡張していくことです。

別のserver.xmlを確認していませんか？

eclipseにサーバーを登録する際に、設定ファイルは
workspace/サーバー/サーバー名/〜にコピーされ、
パッケージ・エクスプローラーのサーバー/サーバー名-config/
の中で見えるようになります。

eclipseから起動した場合は、更にそこから、
.metadata\.plugins\org.eclipse.wst.server.core\tmp?\conf
に配備され、その設定ファイルが使用されます。

色々ご指導頂きありがとうございました。
いまいち原因が分からなかったのですが、無事直りました。
もしかしたら、参照ライブラリ等がおかしかったのかも知れません。
急に使えるようになったので、原因や対処法をメモっておこうと思いましたが、直った事は良いのですがよくわかりませんでした。

ありがとうございました。

追記になりますが不良社員さんから教えて頂いた方法を行い、新しく作ったプロジェクト側で自動で参照ライブラリを作成後、jsp等何点かコピーしました。その後両方でtomcatを起動しアクセスした所、旧プロジェクト側では500、新しく作成したプロジェクト側では404のエラーが起きました（何度か試しましたが・・・）。
その後、少し休憩をとりもう一度試したところ、なぜか正常動作を行う事が出来ました。
以前は、htmlは呼び出せましたがjspは呼び出せずでしたが…。
何か考えられる要因は何か推測出来るものはありますか。

サイトの動作確認とEclipseのコンパイルの
タイミングが合ってないんじゃないですか。

私はこれがイヤだから、Eclipseから
Tomcatを起動するようなことはしてません。